简介：20世紀の終わりに、現代の高校生である火野ヤマトは、体育館で自分の名前を叫ぶ巨大な「魔神」の幻影を目撃する。幻覚を追い払おうとするヤマトであったが、その幻覚と共に「見知らぬ女性」の声が聞こえたとたん、ヤマトはその声に引き寄せられてしまう。

ヤマトが「魔神」に連れ去られた先は、一万年前に地殻変動によって海に沈んだはずのムー大陸であった。訳が解れないヤマトに対して、ムーの民たちは彼を「マジンガーが選んだ救世主」と称える。彼らムーの民の守護神であるのは、彼を現代から過去に導いたゴッドマジンガーであった。そのような中、ムーの民と対立するドラゴニア勢力が襲来すると、再び「魔神」の声がヤマトを呼び寄せる。ヤマトがゴッドマジンガーと融合したとき、ゴッドマジンガーはドラゴニアの恐竜軍団を撃退したのだった。