简介：物語は西暦2409年に開幕する。その年、長年消息を絶っていた宇宙船「グローバリー3」が地球に無事帰還したことで、驚きとともに世に知られることとなった・・・

2412年、当時この世界で標準的な兵器として使われていた「バトルアーマー」を基盤に、グローバリー3が不時着した惑星から持ち帰られた6つの金属生命体（メタルハート）を核に、生命を持つアーマーを作り上げる「Z・A計画」が立ち上がった。Z・Aとは「ゾイドアーマー」のことで、完成したその成体メカは地球人にとって圧倒的な力を持っていた。また、ゾイドアーマーは制御が難しく、グローバリー3とともにやってきたゾイド人や、ゾイド人と地球人の間に生まれた子孫であるセカンドしか操ることができない非常に危険な兵器であった。

2452年、2つの勢力間で勃発した紛争が大戦へと拡大し、両勢力が配備していたゾイドアーマーが互いに戦いを繰り広げた結果、両者に甚大な被害が生じた。その破壊力に圧倒された世界統一政府は、すぐにゾイドアーマーの封印を決定した。そして、装甲巨神を操るゾイド人やセカンドの誕生を恐れた政府は生活制限法を施行し、ゾイド人に対する弾圧が始まった。

2600年、突如として地球に接近した巨大彗星の衝突を恐れた一部の人類は、荒廃した地球から火星へと移り住み、惑星国家「キルナ」を建国した。2980年、第56代大統領であるクレスト・ギスカールは、かつて地球人に迫害を受けたゾイド人であった。彼は復讐の野望と共に、キルナを軍事国家へと変貌させた。

2997年、史上最大の太陽風が発生し、火星の大気の40％が奪われた。皮肉にも、彗星の衝突で汚染されていた地球の大気もその風に吹き飛ばされ、地球の大気は浄化された。

そして2998年、能力別階級制度を導入し、下級国民の不満を無理やり抑え込んでいた惑星国家キルナは、怒りの矛先を地球に向けてついに宣戦布告した。奇襲をかけ、48時間以内に地球を制圧することを目指して攻撃を開始したキルナ軍の指揮官ゼルダン将軍には、別の目的もあった。それは、伝説となったゾイドアーマー、装甲巨神を復活させることだった。

地球上に分散して封印されていた装甲巨神の調査と発掘が攻撃と共に密かに進められ、ついに装甲巨神マリンカイザーが発掘された。しかし、マリンカイザーの覚醒により、別の巨神「Zナイト」も覚醒し、地球人の手により暴走したマリンカイザーを止めるために、セカンドである地球側の反攻勢力の若きパイロット、ベル・ランス中尉がZナイトに乗り込み、マリンカイザーに挑んだ。

今、500年の沈黙を破り、装甲巨神たちが壮絶な戦いを繰り広げる。